FLOW
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Origine

Parmi les Hémiptères, les Fulgoromorphes forment un groupe très diversifié biologiquement et présent dans toutes les grandes régions biogéographiques. Ils représentent à ce titre un excellent modèle d'étude pour mieux comprendre l'origine, la structure et le développement de la Biodiversité. Ils constituent un outil pertinent pour des recherches en biologie de l'évolution et plus particulièrement en écologie ou en éthologie. En outre, ils comptent parmi eux de nombreux ravageurs des cultures de grande importance économique.

Tout en enregistrant les nouvelles données, les objectifs du projet FLOW sont la préservation, l'organisation et la mise à disposition de l'expertise déjà acquise en systématique, afin de promouvoir la recherche fondamentale et appliquée sur le groupe Fulgoromorpha dans les domaines de la Biodiversité et de la gestion de la Conservation.

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Présentation

FLOW (Fulgoromorpha Lists On the WEB) est une base de données sur les Hémiptères Fulgoromorphes accessible sur le web. elle a pour but de permettre aux entomologistes ou tout autre personne intéressée, l'accès à une synthèse de l'ensemble des connaissances biologiques publiées sur ce groupe, d'importance économique majeure. A terme, ce projet proposera pour plus de 14 000 espèces déjà décrites, des informations taxinomiques, nomenclaturales, morphologiques, étho-écologiques, biogéographiques ou bibliographiques. FLOW participe au BEFRI (Biodiversity and Evolution of Fulgoromorpha: a Research Initiative).

Réalisation technique

Cette base de données a été realisée sous PostGreSQL. L'originalité principale de la nouvelle version de FLOW (v.3 et suivantes) est le schéma conceptuel (DBTNT) qui sépare les aspects nomenclaturaux objectifs de ceux taxonomiques, subjectifs (Gallut C. et al., 2005a & 2005b, Final Workshop Species 2000, 14th Oct. 2005, Stockholm, Sueden). Les pages d'exploration sont structurées en un réseau sémantique permettant un accès rapide et dynamique aux différents types de données.

Les outils logiciels informatiques qui ont été réalisés (ERC, DB2WEB, DBTNT, TaxaLife) ne sont pas spécifiques à FLOW, mais facilement adaptables à tout autre groupe taxonomique. On pourra consulter par exemple les bases de données sur les Phlébotomes (Diptera, Psychodidae : projet CIPA), celle des Cercopides (Hemiptera Cercopoidea : projet COOL) ou celle sur les Psylles (Hemiptera Psylloidea : projet Psyl'list).

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Communauté

Le projet FLOW à été développé à l'initiative de Thierry Bourgoin en 1996 avec l'aide de Jacques Lebbe, de Régine Vignes-Lebbe et de son équipe. Depuis, de nombreuses personnes se sont impliquées dans le projet. Nous espérons n'oublier personne:
- Aspects informatiques: Jacques Lebbe and Régine Vigne-Lebbe (DB2Web, version1), Guillaume Rousse (OSIS, version 2), Cyril Gallut (DBTNT, version 3), Angel Anta (les modules Editeur, Explorer, Traducteur, et de continuelles petites améliorations), Aurélien Odent (TaxaLife), Nicolas Lebbe (implémentation de la representaiton graphique de l'histoire des noms de taxon) et Florian Lafosse-Marin (Textes automatisés). Toutes les améliorations depuis 2004 ont été développés par Angel Anta.
- Photographies: Marc Attié, Michel Boulard, René Sforza, Gernot Kunz.
- Saisies de données : Sheryl & John Kenneth Yap (Los Baños Laguna Philippines), Pedro Alvarez, Pascale Bezard-Falgas.
- Traduction du site web en chinois: Rong-Rong Wang.
- Premières synthèses taxonomiques : Paula Cavalcanti Ceotto (Cixiidae), Fabrice Lefebvre (Fossils), Adeline Soulier-Perkins (Lophopidae), Jacek Swezdo (Fossils), Vladimir Gnezdilov (Caliscelidae), Rong-Rong Wang (Tropiduchidae) ...

Collaborations

La base de donnée FLOW est enregistrée dans le Biodiversity Information Networks Database du TDWG (Biodiversity Information Standards). FLOW est une contribution au projet BEFRI (Biodiversity and Evolution of Fulgoromorpha, a global Research Initiative), une initiative d'un groupe informel d'experts sur les Fulgoromorphes. Au titre de référentiel taxonomique, FLOW a participé au projet Species 2000-Europa financé par le 5e programme cadre (Cordis) de la Commission Européenne (2003-2006). FLOW participa aussi aux projets 4D4Life (Distributed Dynamic Diversity Databases for Life) et i4Life financés par le 7e programme cadre de la Commission Europénne (Research Infrastructures INFRA-2008-1.2.2 - Scientific Data Infrastructures) (2009-2012). Par ces projets, FLOW fournit ses données au programme Catalogue of Life (CoL). A travers CoL, FLOW sert ainsi de référentiel taxonomique pour les Fulgores à diverses initiatives globales et Européennes comme au GBIF (Global Biodiversity Information Facility), EoL, (Encyclopedy of Life), Genbank, CBoL (Barcode of Life), … Enfin, la base est aussi publiée annuellement sous la forme un CD-ROM gratuit dans l'Annual Check List du 'Species 2000 & ITIS Catalogue of Life'.

Contribuer & Citer

Contactez Thierry Bourgoin pour plus de détails : toute information, nouvelle donnée ou correction complémentaire sont les bienvenues, cependant seules les données publiées sont prises en compte.

Comment citer FLOW ?

Bourgoin Th. 2019. FLOW (Fulgoromorpha Lists on The Web): a world knowledge base dedicated to Fulgoromorpha. Version 8, updated [date]. http://www.hemiptera-databases.org/flow/

Standards et thesaurus utilisés pour FLOW

Introduction

L'emploi de standards et de thesaurus reconnus est essentiel pour pouvoir partager les données dans l'espace digital où se développe désormais la recherche en biodiversité. Ils sont nombreux et ils s'appliquent à tous les niveaux d'échange de l'information, qu'ils soient techniques ou conceptuels (comme le statut d'un taxon). Leur publication par les bases de données biologiques doit être encouragée pour accélérer leur reconnaissance dans et au-delà de la communauté du domaine de la biodiversité.

Les bases de données de la famille DBTNT - comme FLOW - suivent les standards du GBIF, le Système Mondial d'Information sur la Biodiversité, et du Darwin Core, publiés par Markus Döring, le 08/03/2009. Ratifié par le TDWG, le Darwin Core (DwC) décrit les normes minimales de recherche et d'extraction dans des bases de données de collections d'histoire naturelle et d'observations. Le Darwin Core et ses extensions sont basés sur les standards ABCD (Access to Biological Collection Data) et internationaux (e.g. ISO et TDWG).

1. Statut taxonomique
Compatible avec les recommandations du Darwin Core Vocabularies pour le statut taxonomique.

2. Nomenclatural code
La nomenclature de FLOW respecte le code de l' ICZN (International Code of Zoological Nomenclature).

3. Statut de rang taxonomique
Suit les recommandations du Darwin Core Vocabularies pour le statut de rang taxonomique.

4. Status d'occurrence
Quand indiqué, suit les recommandations du Darwin Core Vocabularies pour les occurences.

5. Statuts d'établissement de l'espèce
Quand indiqué, suit les recommandations de statut du Darwin Core Vocabularies.

6. Statut IUCN
Données non encore présentées dans la base FLOW. Elles suivront les catégories publiées par la liste rouge de l'IUCN comme le recommande le Darwin Core Vocabularies.

7. Statut IUCN du type d'habitat
Données non encore présentées dans la base FLOW. Elles suivront les types d'habitat proposés par le Darwin Core Vocabularies.

8. Standards de répartition
FLOW suit les standards du TDWG dont le 'World Geographical Scheme for Recording Plant Distributions niveaux 3 et 4 pour le champ pays. Il n'y a pas de standard disponible pour les régions biogéographiques. Dans certains cas un niveau supplémentaire est introduit (pour tenir compte d'une répartion insulaire plus précise par exemple). Les cartes de répartitions sont générées par les services Map REST d'EDIT.

9. Echelle des temps géologiques
Suit le standard 2017 (dates et nomenclature) établi par la Commission Internationale de Stratigraphie (ICSL, International Commission on Stratigraphy).

10. Classification botanique des plantes-hôtes
Pour les noms d'espèces botaniques valides, FLOW ne fournit pas nécessairement le nom de cité en référence mais celui retenu par la base TROPICOS (Missouri Botanical Garden, 4344 Shaw Boulevard, Saint Louis, Missouri 63110, USA) pour toute information nomenclaturale, bibliographique ou de classification. Si l'information n'est pas disponible dans TROPICOS (e.g. pas de nom valide), FLOW se réfère alors au Catalogue of Life Annual checklist de Species 2000. En dernier recours, le nom saisi sera celui publié par la référence citée.

11. Classification supra-familiale des Hemiptera
FLOW suit la base de données HemClas, mise à jour et reprise de Bourgoin Th., J. Swzedo & F. Lefèbvre, 2004 (About Hemiptera phylogeny and Classification, :11-36. In: Fossil Planthoppers (Hemiptera: Fulgoromorpha) of the world. An annotated catalogue with notes on Hemiptera classification. Swzedo, J., Th. Bourgoin & F. Lefèbvre. J. Swzedo edt., Warsaw 2004, 199 pp + 8 pl). HemClas est disponible dans HemBase, le groupe de bases de données du MNHN-Paris sur les Hémiptères.

12. Espèces et 'Peer-review'
FLOW est basé sur les données des catalogues de Metcalf pour les Fulgoromorpha, mises à jour depuis. De même pour les données de publication également disponibles en ligne sur le site Dr Metcalf. FLOW a été 'peer-reviewé' (2007, 2012) par Species 2000 et retenu comme le fournisseur de données systématiques pour les Hemiptera Fulgoromorpha dans 'Catalogue of Life'. Ce dernier sert de réference taxonomique (ou de standard pour les espèces valides!) pour diverses initiatives mondiales comme le GBIF, EoL (Encyplopedy of Life), GenBank, CBoL (Consortium for the Barcode of Life), …

13. Codes des Collections
Lorsqu'elles sont mentionnées, les collections où sont déposés les types sont codées suivant l'index BCI (Biodiversity Collection Index) qui permet de distinguer chaque collection sans ambiguité.Les données sont celles citées dans les articles originaux ou celles mises à jour par des articles plus récents.

Remerciements

De nombreuses personnes ont investi du temps dans ce projet ou ont envoyé des informations.
En espérant n'oublier personne, nous sommes heureux les remercier ici :